Аркнайтс: Прелюдия к рассвету

События аниме разворачиваются в удивительном мире под названием Терра, который во многом напоминает Землю. Однако его главным отличием является то, что обитатели этой планеты не только обладают чертами животных, но и владеют магическими способностями, известными как Искусство Оригиниума. Ещё одна особенность Терры — регулярные Катастрофы, представляющие серьёзную угрозу для жизни её жителей. Эти разрушительные явления вынуждают население постоянно мигрировать в поисках безопасных мест.  

Катастрофы привели к появлению нового смертельного заболевания — Орипатии. Болезнь стала настоящим проклятием для Терры: смертность среди заражённых достигала 100%, а уровень заразности был настолько высок, что общество начало бойкотировать и изолировать инфицированных, опасаясь эпидемий. Людей, поражённых Орипатией, изгоняли из городов, лишая их не только дома, но и надежды на спасение.  

Центральным персонажем истории становится загадочная личность, известная под прозвищем Доктор. После потери памяти он абсолютно ничего не помнит о своём прошлом, но это не мешает ему возглавлять кампанию «Остров Родос» — организацию, специализирующуюся на фармацевтике, медицине и борьбе с последствиями Орипатии. Участники «Острова Родос» не только помогают заражённым, но и сражаются с группировкой заражённых, которые, разочаровавшись в обществе, решили отомстить правительству за дискриминацию и изгнание своих собратьев.